Музей был открыт 19 апреля 1998 года. До сих пор он располагался в галерее Спасо-Преображенской церкви, относящейся к храмовому комплексу. Предполагается, что часть экспозиции, посвященная истории воссоздания храма Христа Спасителя, останется на прежнем месте.
Ориентировочно на перевоз экспозиции уйдет около трех месяцев. Перемещение музея осуществляется по просьбе московской Патриархии.
Комплекс "Провиантские магазины" был построен в первой половине XIX века. С 30-х годов прошлого века по 2006 год его использовали в качестве автобазы. С 2006 года идет работа по приспособлению комплекса под музейные цели.