По версии обвинения, Магнитский разработал схему уклонения от налогов по просьбе главы Hermitage Уильяма Браудера, который также признан виновным. Ущерб, нанесенный действиями фонда, составил 522 миллиона рублей.
Ранее гособвинение просило признать Магнитского виновным, но закрыть дело против него в связи со смертью. Браудера прокурор попросил заочно приговорить к девяти годам тюрьмы.
Сергей Магнитский умер в СИЗО в ноябре 2009 года. Находясь в изоляторе, он неоднократно жаловался на состояние здоровья, однако не получил от сотрудников ФСИН своевременной медицинской помощи.
По версии Браудера, юрист Hermitage стал жертвой преступной группы, включающей в себя высокопоставленных российских чиновников и силовиков. Сам Магнитский утверждал, что раскрыл схему хищения из бюджета 5,4 миллиарда рублей сотрудниками правоохранительных органов при помощи налоговой службы. Результаты расследования обстоятельств смерти Магнитского, проведенного Hermitage, были признаны западными странами, в том числе США и легли в основу «списка Магнитского» — документа, в котором собраны фамилии всех лиц, причастных, по версии Hermitage, к смерти юриста.