Айжан Есмагамбетова родилась в 1972 году в Алматинской области, передает Caravan.kz со ссылкой на пресс-службу правительства.
В 1997 году окончила Алматинский государственный медицинский университет, Казахстанский медицинский университет (Высшая школа общественного здравоохранения), Алматы менеджмент университет.
Трудовую деятельность начала в 1990 году фельдшером-лаборантом поликлиники № 7 города Алматы.
В 1997-2004 годах работала врачом-эпидемиологом, врачом-бактериологом, заведующей лабораторией отдела особо опасных инфекций республиканской санитарно-эпидемиологической станции.
В 2004-2014 годах занимала разные должности в структуре Комитета государственного санитарно-эпидемиологического надзора Минздрава.
В 2013 году назначена председателем Комитета государственного санитарно-эпидемиологического надзора.
В 2014 году — директор департамента эпидемиологического надзора-заместитель главного государственного санитарного врача Агентства по защите прав потребителей.
В 2014-2017 годах
— руководитель управления эпидемиологического надзора Комитета по защите прав потребителей Министерства нацэкономики.
В 2017 году — директор департамента стратегического развития и общественного здравоохранения Минздрава.
В 2017-2020 годах — директор департамента политики общественного здравоохранения.
В 2020 году — заместитель председателя Комитета контроля качества и безопасности товаров и услуг Минздрава.
С октября 2020 года и по февраль 2022 года работала председателем Комитета санитарно-эпидемиологического контроля Минздрава.
В феврале 2022 года была назначена на должность вице-министра здравоохранения — главного государственного санитарного врача Казахстана.