Последним местом работы его была столичная "Астана", где он входил в тренерский штаб клуба. Также Сергей Климов занимал пост главного тренера юношеской сборной Казахстана. Однако после неудачного выступления в рамках отборочного турнира чемпионата Европы он был отправлен в отставку.