Послужной список Петрушина заслуживает внимания. В 2004 году он приводил к чемпионскому званию алматинский «Кайрат», а на следующий год выиграл с ними бронзовые медали. Также в его карьере числятся «Динамо-Газовик» (Тюмень), «Арсенал» (Тула), «Динамо» (Москва), «Шинник», «Химки». После ухода из «Кайрата» работал в минском «Динамо», липецком «Металлурге», «Луховицах», «Соколе». Последним клубом в 2012 году был «Челябинск».
Свою тренерскую деятельность Алексей Петрушин начинал в 1990 году в андижанском «Спартаке».