Снижение рыбных запасов в Шардаринском водохранилище и реке Сырдарье происходит из-за несовершенства гидротехнических сооружений в Кзылординской области. При паводке из Шардаринского водохранилища невозможно сбрасывать по Сырдарье большие массы воды, так как Айтекский гидроузел (Кызылординская обл.) имеет низкую пропускную способность. В результате воду в количестве зачастую равном по объему Шардаринскому водохранилищу (5,2 кубических километра) приходится сбрасывать в Арнасайскую впадину на территории Узбекистана. Отсутствие заградительных сооружений приводит к тому, что при сбросе воды вместе с водой уходит рыба. По некоторым сведениям в настоящее время добыча рыбы в Арнасайской системе озер, которая подпитывается водой, в основном, из Шардаринского водохранилища, достигает 60 тыс. тонн. Невозможность пропускать паводковые воды по Сырдарье приводит и к тому, что русло реки заиливается, мельчает, поймы засоляются, тугайные леса сохнут. (В значительной степени, причина гибели Арала тоже кроется в непоступлении паводковых вод). Ж.Турганов сказал, что в этом году сотрудники управления по лесу и биоресурсам обращались к правительству с просьбой хотя бы несколько дней пропустить по руслу воду в объеме 1100 куб.м/сек. Однако максимальный сброс воды шел объемом 250 куб.м/сек, что недостаточно для промывки русла.
В области принята программа развития рыбного хозяйства на 2000-2003 годы. В ее рамках на Шардаринском рыбопитомнике выращено и выпущено в водохранилище 217 тыс. штук двухлеток карпа, 152 тыс. толстолобиков. Однако в отношении самого популярного вида рыбы - сазана - никаких работ не ведется. В 1999 и 2000 годах отлов этой рыбы в Шардаринском водохранилище был формально запрещен, потому что численность упала до опасного уровня. В этом году установлен лимит отлова сазана в 10 тонн. Но, как полагают наблюдатели, в прошлые годы запрет не соблюдался, браконьерский лов шел круглый год и на рынках города сазан в продаже был всегда. В результате сазан весом свыше 4-5 кг уже становится редкостью.