С 1996 года после подписания соглашения "О сотрудничестве и партнерстве между Азербайджаном и ЕС" были созданы три структуры, которые занимаются развитием сотрудничества - Комитет Совета сотрудничества Азербайджана и ЕС, подпалата по вопросам торговли и привлечения инвестиций, а также межпарламентский комитет по сотрудничеству.
Наиболее крупной программой, которая реализуется совместно с ЕС, является TACIS. В рамках ее действия Азербайджану была оказана помощь на сумму 333,2 млн. EURO. Из этой суммы 50,5 млн. EURO были выделены в рамках национальных программ. В настоящее время реализуются малые программы с бюджетом в 16 млн. EURO. Еще одним успешным совместным проектом сотрудничества является программа TRACECA. В ее рамках в Азербайджане и в других странах-участницах программы реализовано 10 проектов на сумму 11,5 млн. EURO.