Музей был закрыт для реформирования в 2003 году. На его стендах в хронологическом порядке, начиная с 1919 года, когда в Петропавловске впервые была образована Чрезвычайная комиссия, размещены информация и экспонаты, рассказывающие о работе чекистов: Великая Отечественная и афганская войны, современная разведка. Представлен и период 1930-х годов, наиболее интересующий североказахстанцев, так как сталинские репрессии проводились и в СКО. Одно из почетных мест в музее заняла Книга Памяти, где увековечены имена всех репрессированных и реабилитированных жителей области. Над ее созданием трудились сотрудники департамента, которые вообще очень серьезно подошли к реформированию музея. Часть представленной информации была получена из различных архивов Казахстана и России.
Музей открыт для всех желающих. Первыми его посетителями стали пенсионеры органов госбезопасности.