Целью этого подписанного в октябре 1999 года в Ялте документа является упорядочение перемещения через таможенные границы государств СНГ специальных военных грузов и продукции двойного назначения. В частности протокол устанавливает иные правила транзита через территорию Казахстана военной техники, чем предусмотрено законами республики.
Транзит военной техники через Казахстан в соответствии с законом о национальной безопасности, не допускается, за исключением случаев, предусмотренных международными договорами. Ратифицированным протоколом пропуск спецгрузов и военного назначения продукции будет осуществляться по разрешению компетентных органов государств, причем эти грузы подлежат таможенному контролю и оформлению в предусмотренном национальным таможенным законодательством порядке.
При отсутствии или повреждении упаковки, пломб, печатей, а также при наличии оснований полагать, что под видом специальных грузов и военной продукции провозятся предметы, не являющиеся таковыми, эти грузы могут быть досмотрены в присутствии полномочных лиц компетентных органов сторон.
При этом перевозка личного имущества военнослужащих и грузов коммерческого характера под видом спецгрузов запрещена.