Согласно положению о деятельности Минэкологии и природных ресурсов, эта структура становится центральным органом исполнительной власти, реализующим госполитику в области защиты окружающей среды в азербайджанском секторе Каспия, эффективного использования природных богатств, их восстановления, а также прогнозирования гидрометереологических процессов. Основными обязанностями министерства будет проведение госполитики в области восстановления и защиты природных богатств, разработка и реализация госпрограмм по использованию и защите земель и лесного хозяйства, подготовка национальных программ по охране водных ресурсов. В функции министерства входит также выдача лицензий на виды деятельности, определенные законодательством, контролирование использования минерально-сырьевой базы, обеспечение выполнения международных обязательств в сфере использования экологических и природных ресурсов, определение списка лесных участков, использование которых ограничено.
Министр экологии и природных ресурсов может иметь одного заместителя, который утверждается и освобождается с должности решением главы государства.