По-прежнему происходят крупные хищения при перевозке нефтяных грузов и остальных непродовольственных грузов. Они оценены соответственно в 1,4 и 11,2 млн. тенге (11 и 84% от всех потерь). По сравнению с 1999 годом балансовый убыток от потерь грузов при перевозках вырос более чем в 4 раза.
По данным статагентства, среднее время простоя вагона под одной грузовой операцией увеличилось по сравнению с 1999 годом на 1,13 часа, по всем железным дорогам замедлилось среднее время оборота грузового вагона на 3,6 часа. Возросла себестоимость перевозок: грузов - 10 тонно-километров с 4,14 тенге в 1999 году до 5,157 тенге в 2000 году, пассажиров - 10 пассажиро-километров с 18,87 тенге в 1999 году до 19,376 тенге в 2000 году.