Жонгар-Алатауский государственный национальный природный парк создан с целью сохранения биоразнообразия (в том числе генофонда глобально значимых дикоплодовых лесов) и естественных горных ландшафтов, имеющих особую экологическую, генетическую, историческую и эстетическую ценность.
Особое внимание уделяется сохранению и восстановлению уникальных яблоневых лесов — источника генетических ресурсов мирового значения, незаменимых для создания новых сортов яблок. Большое значение придается экологическому воспитанию населения, развитию инфраструктуры туризма и рекреации, созданию новых рабочих мест.
Открытие нового природного парка явилось результатом многолетней работы экологов, специалистов в области лесного хозяйства, общественности, государственных органов. Содействие в разработке обоснования и технической документации для создания парка оказал Проект Правительства Республики Казахстан/Глобального Экологического Фонда/Программы развития ООН «Сохранение in-situ горного агробиоразнообразия в Казахстане, которым также разрабатываются и осуществляются комплексы мероприятий по поддержанию глобально значимого агробиоразнообразия дикоплодовых лесов на территории юго-восточного Казахстана.
Общая площадь Жонгар-Алатауского государственного национального природного парка составляет 356 022 га.
В административном отношении парк располагается на территории трех районов Алматинской области — Аксуского, Саркандского и Алакольского.
Регион расположения парка — Жетысуский Алатау — отличается богатым ассортиментом диких плодово-ягодных видов растений, что в полной мере отражается и на территории парка: абрикос обыкновенный, барбарис круглоплодный, вишня тяньшанская, шиповник Альберта, смородина Мейера и т.д. Этот регион является важным центром сосредоточения горного агробиоразнообразия, среди которого особое место занимает яблоня Сиверса, представляющая собой ценный генетический материал. При этом 1,05 % от общей площади Жонгар-Алатауского ГНПП, занимают дикоплодовые насаждения яблони Сиверса, которая является прародительницей всех культурных сортов яблони мира.
В настоящее время проблема сохранения дикоплодовых лесов вышла за рамки национальной и приобрела глобальный характер. На протяжении тысячелетий дикие яблони развивались в сложных горных экологических условиях, что обусловило чрезвычайное внутривидовое разнообразие, которое в настоящее время представляет исключительную ценность в качестве генетического ресурса для селекции новых культурных сортов, отвечающим самым высоким требованиям по экологическим свойствам, вкусовым качествам, содержанию микроэлементов, витаминов и пр.
Во флоре Жетысуского Алтау представлено 2168 видов растений (из которых 76 эндемичных, встречающихся только на этом хребте). На территории парка представлено не менее 75% от числа всех видов растений произрастающих в Жетысуском Алатау. На территории парка встречаются редкие и находящиеся под угрозой исчезновения виды, растений занесенные в Красную книгу Казахстана, такие как: яблоня Сиверса, рябчик бледноцветковый, горечавка джунгарская и т.д.
Жетысуский Алатау является одним из наиболее насыщенных районов Казахстана по видовому разнообразию животных, уступая только Алтаю. Фауна парка включает в себя 2 вида костных рыб, не менее 2 видов земноводных и 8 видов пресмыкающихся, не менее 238 видов птиц, порядка 52 видов млекопитающих. Редкие и исчезающие виды встречающиеся на территории парка: данатинская жаба, черный аист, беркут, бородач, балобан, филин, тянь-шанский бурый медведь, каменная куница, туркестанская рысь, снежный барс и т.д.